Las políticas de lucha contra el terrorismo han planteado nuevas dificultades para el acceso de las organizaciones de la sociedad civil a las fuentes de cooperación internacional, especialmente para las labores de defensa de los derechos humanos. Sobre los Derechos Humanos y Lucha contra el Terrorismo ONU, los órganos y procedimientos especiales del Sistema Universal de Protección de Derechos Humanos, han hecho las siguientes observaciones generales:

1. El respeto de los derechos humanos y el imperio de la ley deben constituir la base fundamental de la lucha contra el terrorismo.  Así como el terrorismo afecta a los derechos humanos y el funcionamiento de la sociedad, también pueden hacerlo las medidas adoptadas por los Estados para luchar contra el terrorismo.

2. Los Estados no sólo tienen el derecho sino la obligación de adoptar medidas efectivas contra el terrorismo. Los actos de terrorismo no se justifican como medio de lograr la libre determinación ni ningún otro objetivo.

3. Las medidas contra el terrorismo y la protección de los derechos humanos son objetivos complementarios que se refuerzan mutuamente y que deben procurarse conjuntamente como parte de la obligación de los Estados de proteger a las personas de su jurisdicción.

4. La legislación y las normas de seguridad contra el terrorismo no deben tener efectos negativos sobre las libertades civiles y los derechos humanos. Toda medida nacional o internacional contra el terrorismo debe llevarse a cabo de conformidad con el derecho internacional, incluidas en la Carta de las Naciones Unidas y los Tratados Internacionales (Botero y Guzmán) pertinentes, las normas relativas a los refugiados y el derecho internacional humanitario.