La iniciativa de implementación de un PNADH puede partir de cualquier sector de la sociedad y sus principales fases se encuentran las siguientes:

Fase preparatoria, en la que se crean las estructuras (comités de coordinación y órganos públicos) encargadas de organizar los procesos de desarrollo del PNADH con participación de funcionarios de todos los poderes del Estado y de las organizaciones de la sociedad civil, guardando equilibrios de género, etnia y región entre otros.

Fase de desarrollo, que comprende: a) elaboración de un concepto del PNDAH y campañas de sensibilización; b) diagnóstico de la situación de los derechos humanos, con aportes de todos los actores interesados; c) consultas o audiencias públicas, abiertas y plurales, con todos los niveles del Estado, Instituciones Nacionales de Derechos Humanos, organizaciones de la sociedad civil, incluyendo organizaciones no gubernamentales y entidades privadas; d) integración de propuestas y redacción del primer borrador del documento, abierto a recomendaciones.

Fase de implementación, donde los órganos responsables ponen en marcha las acciones acordadas en el documento y rinden cuenta a través de un procedimiento de supervisión sobre la ejecución de las actividades planificadas.

Fase de seguimiento, control y evaluación, que envuelve un proceso de ajuste a los objetivos del plan y a las actividades a la luz de las diferentes circunstancias, así como la revisión del grado de implementación y cumplimiento de los objetivos.